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Existem dois tipos de irregularidades avaliadas, uma quando a amostra contém agrotóxico acima do limite máximo de resíduo permitido e outra quando a amostra apresenta resíduos de agrotóxicos não autorizados para o alimento pesquisado. O levantamento revelou ainda que dois agrotóxicos nunca registrados no Brasil, o azaconazol e o tebufempirade, foram encontrados nas amostras de alimentos, o que pode significar que estes alimentos entraram no país contrabandeados.

A agência explica que alguns agrotóxicos aplicados nos alimentos agrícolas e no solo têm a capacidade de penetrar em folhas e polpas. Por isso, a lavagem dos alimentos em água corrente e a retirada de cascas e folhas externas, apesar de contribuem para a redução dos resíduos de agrotóxicos, são incapazes de eliminar aqueles contidos em suas partes internas.

Para a Anvisa, o aspecto positivo do programa é a capacidade dos órgãos locais em identificar a origem do alimento e permitir que medidas corretivas sejam adotadas vem aumentado. Em 2012, 36% das amostras puderam ser rastreadas até o produtor e 50% até o distribuidor do alimento.
A Anvisa coordena o programa de análise de resíduos em conjunto com as vigilâncias sanitárias dos estados e municípios participantes, que fizeram os procedimentos de coleta dos alimentos nos supermercados e de envio aos laboratórios para análise. Assim, é possível verificar se os produtos comercializados estão de acordo com o estabelecido pela agência.