Natural de Mutum, região do Vale do Rio Doce, em Minas Gerais, Francisco se mudou para Belo Horizonte em 1975, onde frequentou a Escola de Belas-Artes da UFMG, a Escola de Artes e Ofícios de Contagem e a Escola Guignard (Uemg), tendo estudado desenho com Amilcar de Castro. Atuando como artista desde meados da década de 1980, recebeu diversos prêmios em salões brasileiros, realizou dezenas de exposições individuais e coletivas. Elem era um dos artistas indicados para o Prêmio Pipa 2017.
Sua atuação como professor merece destaque. Com passagem por Festivais de Inverno na UFMG, cursos livres e ateliês abertos e orientador e professor da Escola Guignard, Francisco Magalhães foi um grande incentivador de jovens artistas, sempre aconselhando o pronto para debater e analisar trabalhos de outros.