No longa, o jovem Danny Winters (Irvine) muda-se para Nova York após ser expulso de casa, em meio à efervescência cultural na megalópole ao fim dos anos 1960. Sem teto ou fonte de renda, o personagem cria vínculos com um grupo de adolescentes que lhe apresentam o Stonewall Inn, casa noturna dirigida pela máfia. Abrigo para homossexuais, travestis e outros grupos socialmente rejeitados à época, o bar foi cenário para a explosão da cultura gay como plataforma de combate à repressão.
Em meio aos shows de drag queens, o protagonista se envolve com o personagem de Meyers, ao mesmo tempo em que desperta a inimizade do gerente da casa, interpretado por Perlman. As relações entre os três se desenvolvem até coincidirem com o incidente verídico conhecido como a Rebelião de Stonewall. Produzido e dirigido por Roland Emmerich ('Independence day'), 'Stonewall' tem estreia prevista ainda para este ano.
Na madrugada de 28 de junho de 1969, policiais invadiram o estabelecimento em Nova York, em uma suposta operação de controle à venda irregular de álcool, e dispuseram-se a prender as pessoas que estivessem vestidas com roupas do sexo oposto. À medida em que os oficiais liberavam clientes que não seriam levados à delegacia, uma multidão estimada entre 100 e 150 pessoas reuniu-se à frente do bar, dando início a uma revolta popular contra o abuso de autoridade. Supostas agressões da polícia contra os detidos agravaram a situação, e a fachada do Stonewall serviu de palco para o primeiro confronto aberto entre a comunidade LGBT e as autoridades da cidade.
Considerada um marco na história da luta contra a descriminação, a rebelião serviu de base para a consolidação dos grupos de militância por direitos civis nos EUA. Em 2013, o presidente Barack Obama mencionou a luta por igualdade dos manifestantes em discurso. O bar e suas imediações foram declarados patrimônio histórico nacional em 1999. Nos cinemas, os acontecimentos já foram revividos em pelo menos três documentários e uma comédia de 1995, que leva o mesmo nome do estabelecimento.