João Guilherme levantou rumores de um possível atrito com o pai, o cantor Leonardo. Durante entrevista, o artista falou sobre o relacionamento com o sertanejo e pontuou que talvez o patriarca "não seja a melhor pessoa para dizer o que deve fazer". 

"Meu pai foi criado e educado em outro tempo. Então, não sei se é a pessoa ideal para me dizer o que fazer e como me comportar", disse à "GQ Brasil".

Apesar das diferenças, João Guilherme não poupou elogios a Leonardo. "Mas ele sempre foi o maior exemplo de humildade. É atencioso e carinhoso com todos os fãs. Essa é uma das maiores heranças que posso levar", declarou.

João é o filho caçula de Leonardo, fruto de um breve relacionamento com a bailarina Naira Ávila, e possui mais 5 irmãos por parte de pai: Zé Felipe, Pedro Leonardo, Jéssica Beatriz, Monyque Isabella e Matheus Vargas. Por parte de mão, possui um irmão mais novo, o Pietro, de 9 anos.